В основном конфигурация прозрачного прокси повторяет таковую для обычного, описанную здесь. Не буду повторятся, а просто отмечу различия.
Создаём символическую ссылку на исполняемый файл для упрощённого управления:
# ln -sf /usr/sbin/squid3 /usr/sbin/squid3-transparent
Создаём конфигурационный файл для "прозрачного прокси":
# touch /etc/squid3/squid-transparent.conf
....
# Задаём список интерфейсов и портов для прослушивания
#
http_port 192.168.1.2:3129 intercept
# Укажем, от какого IP адреса должны будут исходить запросы прокси-сервера в сторону интернет
#
tcp_outgoing_address 192.168.1.2 allowed_src_ip
....
# Задаём список интерфейсов и портов для прослушивания
#
http_port 192.168.1.2:3129 intercept
# Укажем, от какого IP адреса должны будут исходить запросы прокси-сервера в сторону интернет
#
tcp_outgoing_address 192.168.1.2 allowed_src_ip
....
Проверку корректности конфигурационного файла, автозапуск и ротацию журналов настраиваем так же, как и для обычного прокси, меняя очевидное, имеющее отношение к именованию.